• Если сумма прибыли КИК указывается без учета (вычета) начисленных дивидендов, то правильно ли я понимаю, что в этом случае мы указываем сумму начисленных дивидендов за соответствующий период как НЕ подлежащую налогообложению, а налоговую базу начисляем по общей сумме прибыли КИК?

Комментарий GSL

Видимо речь идёт о заполнении Листа Б «Доходы от источников за пределами РФ» декларации. 

В нём по строке 060 следует указать прибыль КИК за минусом суммы выплаченных дивидендов. Строку 072 («Сумма дохода в виде дивидендов, …освобождаемых от налогообложения») в декларации за 2016 год, по нашему мнению, заполнять не следует. Эту строку, при необходимости, можно заполнить в декларации в следующем году.

3) В случае, если сумма прибыли КИК не превышает порога, то тогда она НЕ указывается в 3-НДФЛ, и налоговая база начисляется только исходя из суммы фактически выплаченных (полученных) дивидендов?

Комментарий GSL

Если прибыль КИК по данным финансовой отчётности или налоговых регистров за финансовый год (01.01.2015-31.12.2015 г.) в пересчёте на рубли составляет сумму менее 50 млн. руб., то прибыль КИК не учитывается в доходах контролирующего лица за 2016 год и, соответственно, не декларируется. Полученные в 2016 году дивиденды подлежат налогообложению НДФЛ и декларированию в обычном порядке.

Что подразумевается под фразой «Постоянное нахождение в стране из «черного списка»»?

Постоянное местонахождение – это стандартная формулировка, которая присутствует в различных документах для определения понятия «налоговое резидентство». Не надо путать с местом регистрации. Постоянное местонахождение (налоговое резидентство) подтверждается сертификатом налогового резидентства соответствующего государства.
Что касается «черного списка» для целей льготы по эффективной ставке, то имеется в виду список стран, которые не сотрудничают с Российской Федерацией по вопросам международного обмена налоговой информацией (даже при наличии соответствующего международного договора). Перечень таких стран утверждается ФНС.