Генерал португальской королевской армии Гомеш Фрейре де Андраде был очень недоволен выходкой Жуана, который своей самовольной атакой убил 15-тысяч ополченцев и касадоров (элитная лёгкая пехота в португальской армии). 

Это позволило осадить Коимбру с севера и востока силам испанской армии. 

16 мая Альфонсо Ортега атаковал остатки гарнизона Коимбры – 8000 тысяч ополченцев и 500 касадоров с Жуаном Сузом. 

Храбро стояли португальцы, дрались всем доступным оружием с кастильцами. 

Альфонсо полностью перебил гарнизон Коимбры, потеряв всего 400 убитых. 

Это позволило силам мадридской гвардии взять Бежо, пригород Коимбры. 

С юга подошли силы Андалуйской армии до 10 тысяч пехоты, 3 тысячи кавалерии и 100 пушек, полностью зажав Коимбру от подкреплений. 

Сам Альфонсо, дождавшись прибытия подкреплений с севера, пошел на штурм Коимбры. 

После обстрела и бомбардировки, стены и укрепления города были начисто уничтожены. 

Альфонсо Ортега взяв с собой 6000 человек (в основном кирасиров и конных «Рыцарей Сантьяго») пошел на штурм портового города. Также Альфонсо сопровождал Дон Алварешо Перейру, карлист старой закалки и глава конного корпуса «Рыцарей Сантьяго». 

Португальская пехота построилась в каре, первая атака конницы испанцев понесла потери до двести убитых, потрепав немного ряды защитников. Видя это, Альфонсо приказал артиллерии бить по позициям португальцев единичными ударами шрапнелью и артиллерийской гранатой.