Чилийское командование начало подготовку похода на Лиму. Численность чилийской армии была доведена до 42 тысяч человек. 18 октября чилийцы высадились на полуострове Паракасе, 20 октября захватили порт Писко, 23 октября захватили Ику и затем расширяли занятые плацдармы, проводя разведку в направлении Лимы. 

22 октября 1879 года чилийцы начали наступление в направлении Лимы и 26 октября начали атаку перуанских укреплений. Так началась битва у высот Сан-Хуан. К вечеру первая линия обороны Лимы была прорвана и перуанцы отошли на вторую линию. Потери чилийцев составили около 5 тысяч человек, а перуанцев — 8 тысяч человек 

4 ноября было заключено перемирие на один день для эвакуации из Лимы иностранных граждан. Для обеспечения этой эвакуации в Чоррильос высадился британский корпус. 

15 ноября чилийцы начали штурм второй перуанской оборонительной линии. Произошла битва при Мирафлорес, в которой количество убитых и раненых у чилийцев составило 2124 человека, у перуанцев — около 3000. 

17 ноября чилийские войска генерала Бакедано вошли в Лиму, а также заняли порт Кальяо. 

20 ноября 1879 года в округе Анкон вблизи Лимы Иглесиас подписал мирный договор с чилийцами. По нему район города Икике был присоединен к Чили, за что Перу получало денежную компенсацию. Также Боливия обязана была выплатить контрибуцию Чили, а Перу открыть свои порты для свободной торговли.