Две тысячи чилийских солдат под командованием полковника Оросимбо Барбосы высадились в порту Мольендо и начали продвижение в сторону Арекипы. Но оно оказалось неудачным.
В сентябре чилийские войска под командованием Мануэля Бакедано заняли Мокегуа и повернули в сторону Такны. В районе Лос Анхелес они нанесли поражение перуанским войскам, и полностью порвали фронт на юге.
Перуанцы и боливийцы были вынуждены сосредоточить все силы для обороны городов Арики и Такны. Командующим соединенной армией из 5800 перуанцев и 4200 боливийцев стал президент Боливии Нарцисс Камперо. Чилийских войск было несколько меньше, но у них было превосходство в артиллерии, пулеметном вооружении и бригада наемников из португальцев, басков и бывших офицеров КША под командованием испанского бригадного капитана.
Рядом с побережьем Венесуэлы стояли силы испанской Карибской Флотилии, через которую шел трафик оружия и припасов чилийцам.
Хуан и его военные сторонники стремились вернуть свое влияние в Южной Америке и противовес проамериканской Панаме создавали Карлистскую Чили.
26 сентября 1879 года в окрестностях Такны произошло сражение.
Перуанско-боливийская армия была разбита. Когда чилийские войска вступили в Такну, на её улицах начались грабежи, убийства и насилия. Свирепствовали сильнее всех баски и португальцы.
Битва при Такне полностью изменила обстановку на юге Перу. Под контролем чилийцев оказалась значительная часть перуанского побережья от Икике до Ило. Остатки перуанских войск отступили в сторону Арекипы, а боливийцы отошли в Анды. Перуанский президент Пьерола объявил о мобилизации всех мужчин в возрасте от 16 до 60 лет.
