Строительство основных городских построек шло за пределами крепости по берегам реки, для чего осушались расположенные в дельте Невы болота. Работами по строительству нового города руководили приглашённые Петром в Россию иностранные инженеры. С тем, чтобы ускорить возведение каменных домов, Пётр даже запретил каменное строительство по всей России, кроме Петербурга. Каменщики были вынуждены ехать на работы в Петербург. Кроме того, с каждого въезжавшего в город воза брался «каменный налог»: надо было привезти с собой определённое количество камня или же заплатить специальный сбор. Со всех окрестных областей на новые земли прибывали крестьяне для работы на строительстве.

Одним из важнейших событий в жизни молодого города стало прибытие первого торгового корабля: в ноябре 1703 года голландский торговый корабль пришвартовался в Петербурге^[7]. Шкиперу (капитану корабля) было вручено 500 золотых, также было обещано, что второй пришедший корабль получит 300 золотых, а третий — 150.

Наибольшие проблемы в Петербурге возникали из-за наводнений. Например, в ночь на 5 октября 1705 года вода затопила даже более высокий левый берег, замочила припасы, сложенные на адмиралтейском дворе, и разрушила не один дом.

Строительство города с 1704 по 1717 год в основном выполнялось силами «работных людей», мобилизованных в рамках натуральной трудовой повинности. Они валили лес, засыпали болота, строили набережные и т. п. В 1704 г. в Петербург вызвали из разных губерний до 40 тысяч работных людей, в основном крепостных помещичьих и государственных крестьян. Работы велись преимущественно «вахтовым методом» — мобилизованный работник отрабатывал два-три месяца, после чего уходил домой. Количество людей, ежегодно высылаемых на строительство, было не менее 24 тысяч. Работа шла первоначально в три смены: первая смена с 25 марта до 25 мая, вторая — с 25 мая по 25 июля, третья — с 25 июля по 25 сентября. Позднее перешли на двухсменную работу: первая — с 1 апреля по 1 июля, вторая — с 1 июля по 1 октября. Вопреки распространённым легендам, работа строителей Петербурга оплачивалась. Труд оценивался в 1 рубль в месяц (стандартная плата за работу в тот период). Однако, первоначально строители получали лишь 50 копеек в месяц, а вместо остальной суммы им выдавалось «хлебное жалованье». Позднее жалованье стали выдавать полностью деньгами. В 1707 г. сбежало много работников, направленных в Петербург из Белозерского края. Пётр I приказал взять членов семей бежавших — их отцов, матерей, жён, детей «или кто в домах их живут» и держать в тюрьмах, пока беглецы не будут сысканы^[8][9].