После очередного освобождения территории от ледника она стала заселяться палеоевропейскими племенами. Согласно одной из наиболее распространённых на текущий момент версий, название Неве дали западные индоевропейцы, ставшие свидетелями её прорыва из Ладожского озера в Финский залив^[2]. В первом тысячелетии до нашей эры с Верхней Волги сюда пришли предки прибалтийско-финских народов^{[источник не указан 565 дней]}.

В VIII—IX веках берега Невы заселили индоевропейские племена, которые идентифицировались как восточные славяне (ильменские словене и кривичи). Первые источники, описывающие Новгородскую Русь, известны с IX века, в это время она стала контролировать земли, где позднее расположится Санкт-Петербург. За обладание данной территорией велась длительная борьба между Новгородом, а затем Россией, с одной стороны, и Швецией, с другой. В 1240 году в этом месте произошла Невская битва между шведами и новгородцами. В 1300 году шведами была основана крепость Ландскрона в устье Охты. В 1301 году она была захвачена и полностью уничтожена новгородцами под предводительством великого князя Андрея Александровича. По данным новгородских источников, в 1470-е годы в дельте Невы находилось много поселений: 15 деревень в низовьях Охты, на Петроградской стороне было 30 дворов, на Васильевском острове — 24 двора, 8 в Адмиралтейской части, деревня в 4 двора находилась на месте Александро-Невской лавры. Окрестности Невской дельты были более густо заселены^[3].