В 1983 году клинику Амосова преобразовали в Институт сердечно-сосудистой хирургии, где, кроме хирургических обязанностей, он исполняет и директорские. 7 января 1986 года. У Николая Михайловича высокое кровяное давление и почти постоянно болит голова. По утрам давление 200, а вечером — все 220. Частота пульса опустилась до 34 ударов в минуту. Необходимость в кардиостимуляторе стала очевидной. 14 января в Каунасе Ю.Ю. Бредикис вшивает Амосову стимулятор, и качество жизни улучшается. Можно даже бегать. И он возобновляет физические нагрузки, доводит их до предельных.

6 декабря 1988 года Николай Михайлович добровольно оставил пост директора Института, в котором проработал 36 лет и где сделано 56 тысяч операций на сердце. Расставание с коллективом и больными было тяжелым. Однако 75 лет — это возраст… Хотя только вчера отстоял 5‑часовую операцию, значит, физические силы еще есть. Но не было больше сил переносить людские страдания и смерти. Не было душевных сил…

Прошло четыре года. В 1992 году Амосов остро почувствовал, как неумолимо надвигается немощь. Он принимает тяжелое для себя решение: расстаться с хирургической практикой. При этом он думает не о себе, он переживает за больных, не хочет подвергать их опасности, так как его физическое состояние может сказаться на результатах операций. Он так же, как и прежде, продолжает ежедневно выполнять свои 1000 движений, 2 км бега трусцой. Амосов в возрасте 79 лет, невзирая на свое больное сердце, принимает парадоксальное решение. Вместо уменьшения физических нагрузок он решает их увеличить в три раза. Мало того, он говорит, что пульс надо доводить до 140 и выше, иначе занятия непродуктивны.