В 1963 году он защитил докторскую диссертацию, а после ухода из жизни академика Мясникова возглавил дело учителя — стал директором Института терапии Академии медицинских наук СССР, затем преобразованного в Институт кардиологии им. А. Л. Мясникова.

«Кремлевский доктор»

В 37 лет доктор Чазов получил предложение от министра здравоохранения СССР Бориса Петровского возглавить «Кремлевку» — 4-е Главное управление при Минздраве СССР. Шел декабрь 1966 года. Место руководителя одного из важнейших управлений Кремля пустовало вот уже семь месяцев. Генеральному секретарю ЦК КПСС Леониду Брежневу нужен был свой человек во главе. Как писал в 2012 году Чазов: «Не скоро я, наивный врач и ученый, понял, что оказался «пешкой» в той политической борьбе за власть, которая развернулась в то время». От предложения он, уже имевший опыт работы простым врачом в «Кремлевке», усиленно отказывался, даже использовал верный, как ему казалось, ход: указал, что разведен. Не помогло.

«Мои работы по лечению больных инфарктом миокарда, новые подходы к лечению тромбозов были известны к этому времени во многих странах мира. Известный американский кардиолог Пол Уайт, с которым мы подружились, предрекал большое будущее моим работам. И вдруг, как ураганом, были сметены за несколько дней все мои планы, мечты», — пишет Чазов в книге «Как уходили вожди. Записки главного врача Кремля».

Вопреки своему желанию, он стал руководителем, одновременно занимая должность замминистра здравоохранения СССР, но и на этом высоком посту продолжал клиническую практику и научные разработки. Как рассказал ТАСС советский и российский пульмонолог, академик РАН Александр Чучалин, однажды в субботу во время дежурства Чазов провел эксперимент на себе — велел ввести фибринолизин — препарат для растворения тромбов и лечения инфаркта миокарда, тромбозов.