В годы гонений на его университетского куратора Н. Я. Марра Борис Пиотровский занимает нейтральное положение и дистанцируется от идеологической кампании, посвящая себя раскопкам древней цивилизации города-крепости Тейшебаини. Этот факт позволяет Борису Борисовичу сохранить все предыдущие научные заслуги и удержаться на руководящем месте музейного работника. Первомайские праздники 1953 года Б. Б. Пиотровский встречает с особым подъёмом. Его назначают руководителем Ленинградского филиала Института истории материальной культуры. Эту административную должность Борис Пиотровский будет занимать 11 лет. После отстранения М. И. Артамонова (из-за организации выставки студентов-абстракционистов Академии художеств в музейных стенах Эрмитажа) с должности директора его место занял Борис Борисович Пиотровский. Этот высокий пост директора главного музея страны он занимал более 25 лет.

В память от благодарных потомков

Постоянные нервные перегрузки негативно сказывались на здоровье уже немолодого директора Эрмитажа. 15 октября 1990 года в результате инсульта Б. Б. Пиотровского не стало. Умер учёный, действительный член Академии наук Советского Союза на 83 году жизни. Похоронен Борис Борисович Пиотровский на Васильевском острове в Санкт-Петербурге, на православном Смоленском кладбище рядом с могилой своих родителей. В 1992 году на доме, где проживал учёный со своей семьей, была установлена мемориальная доска. Научным наследием легендарной личности, его статьями, путевыми записями, монографиями, каталогами, созданными в крупнейшем мировом музее, благодарные потомки пользуются и ныне. Одна из улиц столицы Армении была переименована в честь Бориса Пиотровского, а Международный астрономический союз одну из малых планет назвал Пиотровский.