Аллен планировал поместить 10 квадратных километров земли под прозрачные купола, населить их растениями, животными и людьми. Зачем? Он хотел проверить, насколько гибка жизнь, возможно ли заключить ее в герметичную коробочку и сможет ли она в ней существовать сбалансированно. К тому же «Биосфера-2» могла показать (хотя бы примерно), сможет ли человек взять с собой привычную среду обитания для колонизации других планет. Стройка началась в 1987 году в штате Аризона. Она осложнялась тем, что оконные уплотнители и прочие конструкции должны были быть максимально воздухонепроницаемы, дабы свести протечки воздуха к минимуму. В противном случае команда не смогла бы фиксировать изменения в плотности кислорода под куполом. Всего в «Биосфере-2» было сконцентрировано 180 тонн воздуха.

   Так как в течение дня воздух нагревался от солнца и расширялся, а ночью, наоборот, сжимался, инженерам пришлось нивелировать эти перепады давления. Для этого было решено построить огромные куполообразные диафрагмы, которые называли «легкими». Всего в здании на старте находилось порядка 20 тонн биомассы, представленной 4 тысячами видов. При этом ожидалось, что 5—20% из них попросту вымрет. Вся эта биомасса была распределена по пяти диким биотопам (тропический лес, мини-океан с коралловым рифом, мангровые болота, саванна, туманная пустыня) и еще двум антропогенным – поля и огороды, а также жилые зоны с лабораториями и мастерскими, где властвовал человек. Меньше всего места занимал океан – всего 450 квадратных метров, тогда как поля и огороды для восьмерых будущих «бионавтов» занимали площадь в 2500 квадратных метров. На них поселили четверых коз с козлом, 35 куриц с тремя петухами, двух свиноматок и хряка. В местном пруду обитала рыба.